Институтът е оборудван с FTIR спектрометър Tenzor 27 (Bruker) с разделителна способност до 1cm^-1

Апаратът разполага със следните аксесоари:
•отражателна приставка (MIRacle-ZnSe, ATR) в областта 4000-500 см^-1;
•Al/KRS-5 въртящ се поларизатор.

Група по Молекулна Електронна Спектроскопия към ИОХЦФ - БАН е оборудвана със следната апаратура:
•UV-VIS спектрофотометър Lambda 25 (Perkin Elmer);
•спектрофлуориметър LS55 (Perkin Elmer);
•спектрофлуориметър FluoroLog3 (HORIBA JY Inc.);
•спектрометър Ocean Optics QE6500 с висока спектрална резолюция (0.3 нм)

Институтът разполага и с:
•UV-Vis-NIR (200-2500 nm) двулъчев сканиращ спектрофотометър JASCO V-570
•UV-Vis (200-900 nm) двулъчев сканиращ спектрофотометър Perkin Elemer Lambda 16

ИОХЦФ-БАН разполага с апаратура за измерване ъгъл на оптично въртене - поляриметър Jasco P-2000 с натриева и живачна лампи

Институтът разполага с три газови хроматографа (Termo и Agilent Technologies) - два са с пламъчно-йонизационен детектор, един е с мас-детектор;
и капилярни колони с полярни и неполярни фази
Оборудван е и с апаратура за високо-ефективна течна хроматография с два вида детектори:
• с диодна матрица (DAD, Diode Array Detector)
• детектор с разсейване на светлината (ELSD, Evaporative Light Scattering Detector);

Газов хроматограф Thermo Scientific Trace GC Ultra/Autosampler TriPlus – с възможност за работа в GC/MS режим (EI и CI).
Газхроматографска-масспектрална система Hewlett Packard 6890 GC System Plus/5973 MSD.
Високоефективен течен хроматограф Agilent 1100 series, снабден с UV-Vis (DAD) детектор и ELSD(светлинно-разсейващ детектор)

Институтът е оборудван с два съвременни ЯМР спектрометъра:
Bruker Avance II+ 600 със следните измервателни глави:
•5 mm директна двойна глава (BBO, ³¹P - ¹⁰⁹Ag/¹H);
•5 mm инверсна тройна глава (TBI, ¹H/³¹P - ¹⁰⁹Ag/¹³C);
•MIC-Diff30 двойна измервателна глава (¹H/^31P)за изследване на бавна транслационна дифузия;
• 4 mm CP/MAS двойна глава (³¹P - ¹⁵N/¹H) за проби в твърдо състояние;
•4 mm HRMAS двойна глава (¹H/¹³C) за гелове и меки материали; устройство за автоматично подаване на пробите.
Bruker DRX 250 със следните измервателни глави:
•5 мм директна двойна глава (BBO, ³¹Р - ¹⁰⁹Ag / ¹H);
•5 мм четворна измервателна глава (QNP, ¹Н, ¹³С, ³¹Р, ¹⁹F); оборудван с устройство за автоматично подаване на пробите, за рутинна и сервизна работа.